下面以超级用户为例，介绍系统的使用流程。不同的用户拥有的操作权限不同，所以相应的操作流程也会有所差别，用户只需按以下流程但只操作界面显示项目即可。
第1步：登录系统，修改账号默认密码。
第2步：为使用系统的人员分配账号和角色（如公司管理人员、登记员、门禁管理员、消费管理员、考勤管理员等）。
第3步：设置系统参数，数据库，公告，提醒等系统常用信息。
第4步：按照公司结构设置部门组织架构，并设置对应的职位信息。
第5步：录入人员，并为人员发卡，进行人员的日常维护。
第6步：设置本公司区域结构，为系统新增设备（门禁控制器、考勤设备、消费机），并配置设备的基本信息。
第7步：进行门禁时间段设置（即哪些时间段进行门禁）和门禁节假日设置（即门禁时间的例外情况）。
第8步：对需要进行门禁的门进行参数设置。
第9步：设置门禁权限组，即将门分组、分时间段进行门禁设置。
第10步：设置人员的门禁权限组，即哪些人在哪些时间段可以开哪些门。
第11步：设置考勤参数，可使用系统默认设置，也可以按需要进行修改。
第12步：设置考勤时段，即设置考勤过程中可能用到的时段，并配置各项参数信息。
第13步：设置考勤系统常用的班次，即考勤时段在时间区间内的循环组合方式。
第14步：为人员进行排班，设置哪些人员使用哪些班次，对于已排班人员，如有临时变更，可使用临时排班进行设置。
第15步：考勤维护，在日常考勤过程中，由于异常情况的发生，需要进行请假、补签卡、节假日、调休的设置。
第16步：输出考勤报表，按考勤周期统计输出考勤报表。
第17步：设置消费参数，设置系统密码（不建议使用系统默认密码123456）。（注：仅IC消费系统需设置消费参数）
第18步：设置基本资料，包括分段定值、消费时间段、餐厅资料、餐别资料、商品资料和键值资料。
第19步：设置卡类资料（人事系统中为人员发卡时需选择卡类），以便归类消费人员类型。
第20步：进行日常的消费维护工作，如进行补贴设置、手工补消费、消费设备管理等操作。
第21步：查看消费报表和统计报表，根据需要输出相应报表。
其中，第7-10步为门禁设置；第11-16步为考勤设置；第17-21步为消费设置。门禁设置、考勤设置与消费设置之间无先后顺序。